「御社」とは、相手の会社の事を指す時に口頭で伝える時に使う言葉です。
「貴社」とは、相手の会社の事を指す時に文書で伝える時に使う言葉です。
ともに「あなた（お宅）の会社の」という意味で使われますが、口頭で使う「御社」と文書で使う「貴社」の使い方を間違えると失礼にあたる場合がありますので注意する必要が在ります。
「御社」はこう使う
「御社」と言う言葉を使うのは主に就職試験の際の面接・面談のときや、商談の現場での相手の企業の担当者との直接面談のときに使います。
例としては、「御社の経営方針や社風に惹かれ、志望しました。」
とか「御社の製品はとても素晴らしいと思うんですね。
弊社の事業にものすごく役立つと思います。
ですからぜひとも契約して頂きたいんです。」
というような使い方をします。
「貴社」はこう使う
「貴社」という言葉は履歴書の志望動機欄に「あなたの会社」という意味を伝えるために書いたり、ビジネス上の文書で相手の会社のことを指すときに使います。
例えば「貴社の求人内容を拝見し、自分の経験を生かしてみたいと考え応募に至りました。」
とか「貴社の商品を○○個発注したいのでよろしくお願いいたします。」
という使い方をします。
「御社」と「貴社」の使う場面の違い
「御社」は直接相手の会社の担当者の人と顔を合わせ、対話するときに使う言葉です。
「貴社」は相手の会社に対して何かを伝える際に文書（紙の文書だけでなくFAXやメールなど）でやり取りする際に使う言葉です。
この2つの言葉は相手の会社に対する敬語の一つですので、間違えると相手の方から「敬意に欠けている」と思われてしまうことになります。
「御社」と「貴社」の使い分けに気をつけましょう
「御社」と「貴社」はともに「あなた（お宅）の会社」という意味で使われますが、使う場面で違うことに気をつけなければなりません。
面談の際に「貴社」と言ってしまったり、文書で「御社」と書いてしまったりすることはビジネスマンとしての常識を疑われることになってしまいます。
厳しいビジネスの世界では言葉遣いも重要であることを肝に銘じなければいけないと思います。